郡上の長滝寺の僧が、本願寺実如法主の門弟となり、了敬と名のって現在の地に古くからあった天台宗の寺を、明応３年(１４９４)真宗の道場としたのがこの寺の始まりです。
寛永３年(１６２６) 本願寺宣如法主より寺号をうけ、永養寺と称える様になりました。元禄５年(１６９２)十代目の寺持理伝が故あって本願寺派(西)に転派を企て、本尊を持って恵那加子母村に移り、永養寺を建立しました。このため尾崎の寺では、了敬がさずかった絵像本尊を安置し、高山の称讃寺より住職を迎えるまでの十数年間、村名主・吉左衛門の父が留守居役を勤めていました。
寛保３年(１７４３)十三世祐天のときに、現在の本堂を建立し、本願寺より木仏尊形を新しく迎え現在に至っています。加子母の寺は明治の初めに廃寺となり、本尊は付近の民家に安置してありましたが、昭和初年再び永養寺に帰り、寺宝として安置してあります。
[参考文献　はぎわら文庫・第３集　萩原の史跡と史話]